Kuigi külmutamisel - kuivatamisel on puu- ja köögivilju tekstuuri, maitse ja toiteväärtuse säilitamisel palju eeliseid, on ka mõned olulised puudused. Vajalike seadmete esialgne kulu ja keerukus on üks peamisi takistusi. Külmutuskuivatusmasinad nõuavad märkimisväärset alginvesteeringut nende kõrgete hankimise ja hoolduse kulude tõttu. Lisaks võivad nende seadmete energiavajadused suurendada tootmiskulusid ja mõjutada negatiivselt külmutamise kuivatamist.
Külmutuskuivamisprotsessi tundlik olemus on veel üks raskus. Puu- ja köögiviljad on hoolikalt külmutatud ning veesisaldus sublimeeritakse seejärel madala rõhu all. Valmistoote kaliibri tagamiseks nõuab see täpne protsess rõhu ja temperatuuri hoolikat reguleerimist. Ideaalsetest asjaoludest lahkumine võib põhjustada toitumissisalduse, maitse või tekstuuri kadumist. Lisaks võib protseduuri lõpetamiseks kuluda mitu tundi, mis võib piirata tootmisrajatiste mahutavust.
Veel üks peamine probleem puuviljade ja köögiviljade külmutamisel on nende struktuuri terviklikkuse hoidmine. Kui vesi eemaldatakse teatud toodete kaupa, võivad need muutuda kahjustuste või struktuurilise kokkuvarisemise suhtes haavatavamaks. Et tagada, et tooted suudavad külmutada - kuivatamisprotsessi, kaotamata oma soovitud atribuute, on vaja ranget valikut ja eel - ravi. Näiteks võib kuivatamisel oma värvi ja tekstuuri säilitamiseks vajada mõned puu- ja köögiviljad või anda antioksüdantset töötlemist.
Kui külmutamise kuivatamise protseduuri ei tehta steriilses atmosfääris, on ka mikrobioloogilise saastumise oht. Isegi kui mikroobide kasvu oht väheneb oluliselt vee eemaldamisega, võivad protseduuri alguses esinevad saasteained siiski olla ohtlikud. Seega nõuab ohutu ja parema külmutamise - kuivatatud toodete loomine puhta ja kontrollitud atmosfääri säilitamist.
